Una molècula està composta
d’electrons i nuclis. Si excloem les correccions relativistes, el
hamiltonià molecular, en unitats atòmiques, té la següent expressió,
on els subíndexs i
es refereixen a
electrons i els i
a nuclis.
(Com la massa dels electrons és en unitats
atòmics, no hi ha apareix.) té cinc
components, dos d’energia cinètica (dels electrons,
, i dels nuclis,
), i tres
d’energia potencial (repulsió nucli-nucli , repulsió
electró-electró , i atracció
nucli-electró ).